Differenza tra RNA Seq e Microarray

Il differenza principale tra RNA Seq e microarray è che il RNA Seq (RNA Sequencing) consente l'analisi di nuove varianti di RNA e RNA mentre il microarray consente di analizzare il trascrittoma con l'uso di sonde di RNA note. Inoltre, RNA Seq è una tecnica basata sul sequenziamento mentre il microarray si basa sull'ibridazione.

RNA Seq e microarray sono due tecniche utilizzate per analizzare il trascrittoma, che è l'mRNA totale espresso da un organismo. Permettono di determinare i tipi di molecole di RNA formate in uno stadio cellulare definito.

Aree chiave coperte

1. Cos'è l'RNA Seq
     - Definizione, processo, significato
2. Cos'è Microarray
     - Definizione, processo, significato
3. Quali sono le somiglianze tra RNA Seq e Microarray
     - Profilo delle caratteristiche comuni
4. Qual è la differenza tra RNA Seq e Microarray
     - Confronto tra le principali differenze

Parole chiave

Analisi dell'espressione genica, ibridazione, microarray, sequenziamento dell'RNA, sequenziamento

Cos'è l'RNA Seq

RNA Seq (Sequenziamento dell'RNA) è una tecnica che determina la sequenza di molecole di RNA in un campione. RNA Seq coinvolge il sequenziamento shotgun high-throughput delle molecole di cDNA. Il cDNA è ottenuto dalla trascrizione inversa delle molecole di RNA. Il sequenziamento di prossima generazione prevede la determinazione della sequenza del cDNA. RNA Seq consente la determinazione della sequenza dell'RNA e la loro relativa abbondanza.

Figura 1: RNA Seq Process

RNA Seq è una tecnica altamente affidabile con un'ampia gamma di sensibilità. Quindi, è in grado di rilevare sequenze di RNA rare e poco abbondanti. La caratteristica unica di RNA Seq è la sua capacità di identificare nuove sequenze di RNA e le varianti di splicing.

Cos'è Microarray

Microarray è una tecnica ampiamente utilizzata per analizzare l'espressione genica di un particolare organismo. Usa sonde definite che sono ibridate con le molecole di RNA nel campione. Le sonde a filamento singolo sono collegate a una superficie solida nota come un chip a cui viene ibridato il campione di RNA marcato fluorescente. I dati di sequenziamento del genoma possono essere utilizzati per progettare le sonde.

Figura 2: processo Microarray

Per un esperimento rapido e facile, microarray è la migliore tecnica nell'analisi dell'espressione genica. Ma le sonde devono essere progettate in modo tale da rilevare anche le varianti di splicing.

Somiglianze tra RNA Seq e Microarray

• RNA Seq e microarray sono due tecniche utilizzate nell'analisi dell'espressione genica.
• Possono rilevare i tipi di molecole di RNA presenti in un campione in un tempo definito.
• Dipendono dalla sequenza dell'RNA.
• Entrambe le tecniche possono determinare la sequenza primaria e l'abbondanza relativa dell'RNA in un campione.
• La riproducibilità di entrambe le tecniche è alta.

Differenza tra RNA Seq e Microarray

Definizione

L'RNA Seq si riferisce a una tecnica basata sul sequenziamento che rileva le sequenze di RNA in un campione mentre il microarray si riferisce a una tecnica basata sull'ibridizzazione utilizzata per rilevare la presenza di sequenze di RNA specifiche all'interno di un campione.

Basato su

L'RNA Seq è una tecnica basata sul sequenziamento mentre il microarray è una tecnica basata sull'ibridazione fatta con le sonde esistenti.

Identificazione di nuove sequenze

L'RNA Seq può identificare nuove sequenze di RNA presenti in un campione, mentre il microarray può solo identificare sequenze note.

sensibilità

La sensibilità di RNA Seq è elevata mentre la sensibilità del microarray è relativamente bassa.

Precisione

La precisione dei dati RNA Seq è elevata mentre la precisione dei dati dei microarray è relativamente bassa.

Rilevazione SNP

RNA Seq può identificare SNP eccetto gli SNP de novo per RNA a bassa abbondanza, mentre il microarray non può rilevare SNPs.

Costo

L'RNA Seq è costoso ($ 300- $ 1000 / campione) a causa dell'ampia analisi bioinformatica richiesta dal metodo mentre il microarray è meno costoso ($ 100-200 / campione).

Conclusione

RNA Seq è una tecnica basata sul sequenziamento utilizzata per determinare le sequenze di RNA presenti nel trascrittoma mentre il microarray utilizza sonde specifiche per rilevare la presenza di particolari sequenze nel transcriptome. Microarray non può rilevare nuove sequenze di RNA così come sequenze di RNA meno abbondanti. Ma, in RNA Seq, tutte le sequenze di RNA all'interno del campione possono essere identificate. Pertanto, la principale differenza tra RNA Seq e microarray è il tipo di rilevamento.

Riferimento:

1. Kukurba, Kimberly R. e Stephen B. Montgomery. "RNA Sequencing and Analysis." Protocolli Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Web. 3 luglio 2018, disponibile qui
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. "Microarray e le sue applicazioni". Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Web. 3 luglio 2018, disponibile qui

Cortesia dell'immagine:

1. "Sommario dell'RNA-Seq" di Thomas Shafee - Opera personale (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
2. "Sommario del microarray di RNA" di Thomas Shafee - Opera personale (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia