Differenza tra RAPD e RFLP

Differenza chiave - RAPD vs RFLP
 

I marcatori genetici sono usati in Biologia Molecolare per identificare variazioni genetiche tra individui e specie. DNA polimorfico amplificato a caso (RAPD) e Polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione (RFLP) sono due importanti marcatori molecolari abitualmente utilizzati nei laboratori. Il RAPD viene eseguito con primer oligonucleotidici brevi e arbitrari, ed è basato sull'amplificazione casuale delle varie posizioni in tutto il DNA dell'organismo dell'organismo. La RFLP viene eseguita con una specifica endonucleasi di restrizione ed è basata sul polimorfismo dei frammenti di restrizione risultanti e dell'ibridizzazione. La differenza chiave tra RAPL e RFLP è quella RAPD è un tipo di tecnica PCR eseguita senza la conoscenza della sequenza precedente mentre La RFLP non è coinvolta nella PCR e richiede la conoscenza della sequenza precedente per eseguire la tecnica.

CONTENUTO
1. Panoramica e differenza chiave
2. Cos'è RAPD
3. Cos'è RFLP
4. Confronto affiancato - RAPD vs RFLP
5. Sommario

Cos'è RAPD?

RAPD è un utile marker molecolare in biologia molecolare. È una tecnica semplice e veloce. RAPD può essere definito come un metodo che risulta in sequenze di DNA polimorfico come risultato dell'amplificazione casuale di più posizioni del modello di DNA bersaglio. RAPD utilizza primer oligonucleotidici brevi con sequenze arbitrarie per l'amplificazione PCR. I primer sono sintetizzati artificialmente senza la conoscenza della sequenza precedente. Quindi, è considerato come una tecnica facile e utile.

I seguenti passaggi principali sono coinvolti in RAPD.

1. Estrazione del DNA bersaglio
2. Amplificazione delle posizioni multiple del DNA bersaglio usando primer scelti casualmente
3. Elettroforesi su gel dei prodotti PCR amplificati
4. Colorazione con bromuro di etidio e identificazione del polimorfismo

Come risultato della variazione della ricottura dell'innesco, durante l'amplificazione vengono generati diversi frammenti con lunghezze diverse. Quindi, i modelli di bande sui gel sono diversi tra individui e specie. Pertanto, RAPD consente il rilevamento della variazione genetica tra gli organismi nell'identificazione e nella differenziazione.

Il RAPD è applicato in vari studi di biologia molecolare quali l'identificazione della differenza genetica tra specie strettamente correlate, mappatura genica, impronte digitali del DNA, identificazione di malattie ereditarie, ecc..

Figura 01: RAPD

Cos'è RFLP?

Polimorfismi a restrizione dei frammenti (RFLP) è un marcatore molecolare utilizzato in biologia molecolare per l'identificazione di variazioni genetiche in sequenze di DNA omologhe. È il primo marker genetico sviluppato per il fingerprinting del DNA. Tutti i microrganismi producono profili di DNA unici quando sono limitati da specifici enzimi di restrizione. La RFLP è uno strumento importante per produrre profili di DNA unici per gli individui e per rilevare la variazione genetica tra di essi. Quando i campioni di DNA vengono digeriti con specifiche endonucleasi di restrizione, producono diversi profili di DNA che sono unici per ciascun individuo. Pertanto, il principale di questo metodo è la rilevazione della variazione genetica tra gli organismi, limitando il DNA omologo con specifici enzimi di restrizione e l'analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento tramite elettroforesi su gel e blotting. I pattern di blotting sono unici per ciascun organismo e caratterizzano i genotipi specifici.

I seguenti passaggi sono coinvolti con RFLP.

1. Isolamento di una quantità sufficiente di DNA dai campioni
2. Frammentazione dei campioni di DNA con specifiche endonucleasi di restrizione in breve sequenza
3. Separazione dei frammenti risultanti con diverse lunghezze mediante elettroforesi su gel di agarosio.
4. Trasferimento del profilo di gel in una membrana mediante Southern blotting
5. Ibridazione della membrana con sonde marcate e analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento in ciascun profilo

RFLP ha varie applicazioni come la diagnosi delle malattie ereditarie, la mappatura del genoma, l'identificazione criminale in studi forensi, test di paternità, ecc..

Figura 02: genotipizzazione RFLP

Qual è la differenza tra RAPD e RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD è un marcatore molecolare basato su primer casuali e PCR.	RFLP è un marker molecolare basato sulla produzione di frammenti di restrizione di lunghezza diversa.
Campione richiesto
Piccoli campioni di DNA sono sufficienti per l'analisi RAPD.	Per l'analisi RFLP è necessaria una grande quantità di campione di DNA estratto.
Tempo
RAPD è un processo rapido.	RFLP è un processo che richiede tempo.
Uso del primer
Vengono utilizzati primer casuali e stessi primer possono essere utilizzati per diverse specie.	Sonde specifiche per le specie vengono utilizzate in RFLP per l'ibridazione.
Affidabilità
L'affidabilità della tecnica è inferiore rispetto a RFLP.	RFLP è una tecnica affidabile.
assorbente
Il RAPD prevede il blotting del sud.	Il Southern blotting è una fase di RFLP.
Rilevazione della variazione allelica
Le variazioni alleliche non possono essere rilevate da RAPD.	Le variazioni alleliche possono essere rilevate da RFLP.
Necessità per la conoscenza della sequenza
RAPD non richiede la conoscenza della sequenza precedente.	La conoscenza della sequenza precedente è richiesta per la progettazione della sonda.
PCR
La PCR è coinvolta con RAPD	La PCR non è coinvolta con RFLP.
Riproducibilità
RAPD ha una bassa riproducibilità	RFLP ha un'alta riproducibilità rispetto a RAPD.

Riepilogo: RAPD vs RFLP

RAPD e RFLP sono marcatori importanti utilizzati nella biologia molecolare. Entrambi i metodi sono in grado di rilevare variazioni genetiche tra gli organismi. RAPD viene eseguito utilizzando primer casuali. La RFLP viene eseguita utilizzando specifici enzimi di restrizione. Entrambi i metodi producono profili di DNA unici per singoli organismi. RAPD è coinvolto in pochi passaggi rispetto a RFLP. Ma produce risultati meno affidabili e riproducibili di RFLP. Questa è la principale differenza tra RAPD e RFLP.

Riferimenti:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang e M. K. Slocum. "Confronto tra marcatori genetici RAPD e RFLP nel determinare la somiglianza genetica tra i genotipi di Brassica oleracea L." TAG. Genetica teorica e applicata. Theoretische und angewandte Genetik. U.S. National Library of Medicine, marzo 1994. Web. 12 aprile 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey e Antoni Rafalski. "Il confronto tra RFLP, RAPD, AFLP

Cortesia dell'immagine:
1. "Genotipizzazione RFLP" di (sconosciuto) - Istituti nazionali di salute (dominio pubblico) via Commons Wikimedia