Differenza tra primer PCR e primer sequenziali
Share
Differenza chiave - Primer PCR vs sequencing primer
Con i recenti sviluppi nel campo della biologia molecolare, sono state sviluppate diverse tecniche genetiche che hanno reso i processi investigativi di diverse vie del soggetto facili e accurate. La PCR e altre procedure di sequenziamento sono due importanti tecniche di questo tipo. Usano diversi sottocomponenti. I primer sono considerati la principale sottocomponente comune alle tecniche di PCR e di sequenziamento. I primer per PCR sono utilizzati per l'amplificazione di una particolare sequenza di DNA, mentre si primer di equitazione sono usati nel contesto del sequenziamento di un frammento di DNA con l'intenzione di rivelare il suo ordine specifico della sequenza nucleotidica. Questo è il differenza fondamentale tra primer PCR e primer di sequenziamento.
CONTENUTO
1. Panoramica e differenza chiave
2. Cosa sono i primer per PCR
3. Cosa sono i primer sequenziali
4. Somiglianze tra primer PCR e primer sequenziali
5. Confronto affiancato - Primer PCR vs Primer sequenziali in forma tabulare
6. Sommario
Cosa sono i primer per PCR?
Polymerase Chain Reaction (PCR) è una tecnica genetica che viene utilizzata nel campo della biologia molecolare per amplificare una o più copie di un particolare segmento di DNA e ottenere molti milioni di copie identiche. In una reazione PCR, vengono utilizzati diversi componenti inclusi i primer. I primer sono brevi filamenti di DNA con una lunghezza nucleotidica di 18-25 che li rende compatibili con l'inizio e la regione terminale dei frammenti di DNA da amplificare. I primer possono essere un primer diretto e un primer inverso. Questi primer si legano al frammento di DNA nei punti specifici in cui fanno legare la DNA polimerasi allo specifico primer nella posizione e iniziano la sintesi del nuovo filamento di DNA.
La selezione dei primer è un aspetto importante del processo di PCR. La selezione della lunghezza del primer è importante. La lunghezza ideale sarebbe 18-25 nucleotidi. Se la lunghezza è troppo corta o troppo lunga, i primer non si legheranno alla sequenza del DNA per essere amplificati accuratamente. I primer che sono di lunghezza troppo corta portano a ricottura di primer non specifici in diverse posizioni della sequenza di DNA.
Figura 01: primer PCR
Il contenuto di Guanine e Cytosine (GC) in un buon primer dovrebbe essere compreso tra 40 e 60. La temperatura di ricottura dell'innesco e la temperatura di fusione sono fattori vitali durante la PCR. La temperatura di fusione dovrebbe essere calcolata con precisione e la temperatura di ricottura dell'innesco dovrebbe essere 5 0C inferiore alla temperatura di fusione. La temperatura di fusione dovrebbe essere di 60 ° C e 75 ° C. Temperature troppo alte o troppo basse comporteranno un'attività della DNA polimerasi meno attiva.
Cosa sono i primer sequenziali?
I primer di sequenziamento sono usati nel contesto del sequenziamento di un frammento di DNA con l'intenzione di rivelare la sua identità specifica. Per ottenere buoni risultati di sequenziamento primer e modelli di alta qualità sono importanti. Pertanto, quando vengono selezionati i primer, dovrebbero essere unici per una particolare regione in cui desideriamo eseguire la sequenza. Dovrebbe anche avere un orientamento corretto in cui le sequenze sono generalmente generate da 3 'a 5' estremità dei primer. La sequenza dovrebbe essere priva di auto ibridazione indesiderata come la formazione di anelli a forcina. Non dovrebbe contenere formazione consecutiva di basi di guanina.
La temperatura di fusione (Tm) del primer deve essere adatta alle condizioni del sequenziamento. Pertanto, dovrebbe essere compreso tra 52oC e 74oC. La preparazione degli oligonucleotidi da utilizzare come primer deve essere purificata per ottenere la lunghezza desiderata della sequenza. Se gli oligonucleotidi contengono impurità, la segnalazione della sequenza di primer verrà sovrapposta da diversi siti di innesco e diminuirà anche il numero di cellule base.
Figura 02: Primer di sequenziamento
La temperatura di fusione del primer (Tm) di un oligonucleotide determina quanto i fili del DNA complementari siano forti l'uno con l'altro. Tm può essere considerato come un calcolo termodinamico in cui dipende da sequenze di DNA e da diverse condizioni come la concentrazione di sale. La Tm è importante durante la PCR in cui una variante chiamata sequenziamento del ciclo viene utilizzata per produrre un gruppo di frammenti terminati da dideoxinucleotide. Qui, il primer che viene sequenziato verrà inizialmente ricotto alternativamente, quindi esteso e infine denaturato per l'amplificazione. Pertanto, il valore Tm dovrebbe essere compreso tra 52oC e 74o C. Gli oligonucleotidi sintetizzati possono essere ottenuti dai laboratori di sintesi del DNA / RNA come per scelta. La scala ridotta di sintesi utilizzata per il sequenziamento del DNA è in genere di 50 nmol. Inoltre, la cosa più importante è che i primer usati per il sequenziamento devono essere purificati per essere privi di impurità che impediscano la riduzione della qualità.
Quali sono le somiglianze tra primer PCR e primer sequenziatori?
- Sia i primer per PCR che i primer sequenziali sono primer che vengono utilizzati nel processo di amplificazione di una sequenza di DNA mirata.
- Sia i primer per PCR che i primer sequenziali sono composti da nucleotidi.
- Sia i primer per PCR che i primer sequenziali sono oligomeri corti.
Qual è la differenza tra primer PCR e primer sequenziatori?
Primer PCR Primer vs Primer di sequenziamento | |
| I primer per PCR sono brevi filamenti di DNA con una lunghezza di sequenza nucleotidica di 18-25 che li rende compatibili con l'inizio e la regione terminale dei frammenti di DNA che devono essere amplificati. | I primer di sequenziamento sono oligomeri corti che vengono utilizzati nel contesto del sequenziamento di un frammento di DNA con l'intenzione di rivelare la sua identità specifica. |
| Funzione | |
| I primer per PCR sono usati per l'amplificazione di una particolare sequenza di DNA. | I primer di sequenziamento sono usati nel contesto del sequenziamento di un frammento di DNA con l'intenzione di rivelare la sua identità specifica. |
| Numero di primer necessari | |
| Due primer; un primer diretto e un primer inverso vengono utilizzati come primer per PCR. | Serve solo un primer come primer di sequenziamento. |
Sommario - Primer PCR vs sequencing primer
I primer di sequenziamento sono usati nel contesto del sequenziamento di un frammento di DNA con l'intenzione di rivelare la sua identità specifica. Un primer di sequenziamento sarà sufficiente per eseguire il processo. Per ottenere buoni risultati di sequenziamento, primer e modelli di alta qualità sono importanti. Pertanto, quando vengono selezionati i primer, dovrebbero essere unici per una particolare regione in cui desideriamo eseguire la sequenza. I primer PCR sono brevi filamenti di DNA con una lunghezza nucleotidica di 18-25 che è compatibile con l'inizio e la regione terminale dei frammenti di DNA che devono essere amplificati. I primer per PCR possono essere un primer forward e reverse primer. Il contenuto di Guanine e Cytosine (GC) in un buon primer dovrebbe essere compreso tra 40 e 60. La temperatura di ricottura dell'innesco e la temperatura di fusione sono aspetti vitali durante la PCR. Questa è la differenza tra primer PCR e primer Sequencing.
Riferimento:
1. "Polymerase chain reaction (PCR)." Khan Academy. Disponibile qui
2. "Primer di sequenziamento e progettazione del primer." Primer di sequenziamento e progettazione del primer | Servizi DNA Core University | Università di Calgary. Disponibile qui
Cortesia dell'immagine:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Opera propria, (CC BY-SA 3.0) attraverso Commons Wikimedia
2.'DNA Sequencin 3 metodi di etichettatura'By Abizar (uploader originale) su Wikipedia in inglese - Trasferito da Gustavocarra., (Public Domain) via Commons Wikimedia
